یورش مغولان به ایران درسال ۶۱۶ق/۱۲۱۸م آغاز گردید. ادوارد تلر در خاطراتش در مورد حمله چنگیزخان مغول به ایران دوره خوارزمشاهی می‌نویسد:
یک نمونه مهم در تاریخ، جنگهای چنگیزخان مغول، و بویژه تخریب سرزمین‌های پارسی است. بیش از نصف جمعیت سرزمین تسخیر شده نابود گردید، و پارس، که همان ایران امروزیست، هرگز جلال و ابهت پیشین خود را دیگر باز نیافت.»
حمله چنگیزخان مغول چنان دهشتناک و بیرحمانه بود که خیابانهای نیشابور «که مهد علم و دانش و نوآوری آن زمان بود، تبدیل به جویبارهای خون گردید، و از سران مردان و زنان و کودکان هرمهایی ساخته شد، و حتی به سگ‌ها و گربه‌های شهر نیز رحم نکردند.» از اینروست که تاریخ نگار دیگری می‌نویسد:
شکی نیست که نابودی و ویرانی که در حین خیزش دولت مغول در ایران بوقوع پیوست، و قتل‌عام وسیعی که در آن زمان رخ داد، در هزار سال هم ترمیم نخواهد گشت، حتی اگر فاجعه دیگری نیز بوقوع نپیوندد.»
شاید هزار سال به طول نینجامید اما در اواسط قرن بیستم بود که جمعیت نیشابور به سطح دوران پیش از حمله مغول بازگشت.
محمد علیم خان آخرین فرد بازمانده از نسل چنگیز خان است. این عکس متعلق به ۱۴۰ سال پیش می باشد که بوسیله نرم افزار فتوشاپ بازسازی شده است.
محمد امیر عالم خان (۱۹۴۴ – ۱۸۸۰)، آخرین امیر بخارا پیش از چیرگی کامل حکومت اتحاد جماهیر شوروی بر منطقه ماوراءالنهر بود. با وجودی که از سال ۱۸۷۳ خانات بخارا تحت‌الحمایه امپراتوری روسیه قرار گرفته بود، امیر در اداره امور داخلی آزادی عمل داشت و نظام سلطنت مطلقه برقرار بود.
روز ۲ سپتامبر ۱۹۲۰ میلادی نیروهای ارتش سرخ شوروی به فرماندهی ژنرال میخائیل فرونزه به بخارا حمله کردند. پس از چهار روز نبرد ارک امیر ویران شد و پرچم سرخ برفراز مناره کلیان به اهتزاز در آمد. امیر ناچار به دوشنبه و از آنجا به کابل رفت و در همانجا درگذشت. او را در گورستان شهدای صالحین به خاک سپردند.
وی در سال‌های پناهندگی در افغانستان علاوه بر ارتباط با باسماچیان و رهبری صوری آنها، خاطرات خود را به نام تاریخ حزن‌الملل بخارا به زبان فارسی نشر کرد که با کوشش محمد اکبر عشیق کابلی در سال ۱۹۹۰ در پیشاور به چاپ رسید.
روزنامهٔ فارسی زبان بخارای شریف در زمان زمامداری وی تعطیل شد.
چنگیزخان مغول در سال ۶۲۱ ه ق با همه پسرانش بجز جوجی که به دشت قفچاق رفته بود به مغولستان رسید و پس از غلبه بر پادشاه تنگت واقع در شمال تبت در سال ۶۲۴ ه ق به سن ۷۲ سالگی درگذشت. پس از مرگ چنگیز پسرش اوکتای قاآن به وصیت پدر جانشین وی گردید. پس از اوکتای قاآن پسرش گویوک خان (۶۳۹–۶۴۷ ه ق) و پس از او منگو قاآن (۶۴۸–۶۵۷ ه ق) به خانی نشستند. در دوره منگو قاآن٬ هولاکو مأمور تکمیل فتوحات مغول در ایران و سایر نواحی غربی آسیا شد. در فاصله میان تسلط مغول بر مشرق ایران و حمله هولاکو به ایران٬ سرزمین‌های فتح شده را حاکمان مغولی که از جانب خانان مغول تعیین می‌شدند با راهنمایی و مشاورت وزرای ایرانی، مانند شرف الدین خوارزمی و عطا ملک جوینی اداره می‌کردند.
هولاکو که برادر منگوقاآن و پسر تولی خان پسر چنگیز بود، در طی حملات مکرر خود اسماعیلیه را سرکوب و روستاهای آنان را ویران ساخت و سپس بغداد را فتح کرد و با کشتن خلیفه مستعصم عباسی به خلافت ۵۲۵ ساله عباسیان خاتمه داد و پس از فتح بغداد٬ شهرهای عراق و همچنین گرجستان و ارمنستان و شهرهای آسیای صغیر را تصرف کرد.
در سال ۶۶۱ه ق قوبیلای قاآن که به‌جای منگو قاآن نشسته بود سلطنت تمام ایران و بین‌النهرین و شام و آسیای صغیر را به هولاکو واگذار کرد و بدین ترتیب جانشینان چنگیز سلسله‌ای در ایران تشکیل دادند که به ایلخانان مغول معروف است. هولاکو در سال ۶۶۳ ه ق پس از آنکه در همه جنگ‌ها از جیحون تا مرز مصر پیروز شده بود و آن نواحی را تحت فرمان درآورده بود درگذشت.